dimanche 24 mai 2015

poste ATER Saint-Etienne

DEUX POSTES de "demi-ATER", Université de Saint-Etienne
(TWO POST-DOC teaching/research positions)
Thématique : Communications acoustiques animales et humaines
L'Equipe de Neuro-Ethologie Sensorielle (ENES/Neuro-PSI CNRS UMR 9197) de l'Université de Saint-Etienne propose deux postes de demi-ATER pour l'année 2015-2016 (renouvelable une fois). Les candidats devront avoir soutenu leur thèse dans le domaine de l'éthologie animale ou humaine (préférentiellement les communications acoustiques) avant le 1er septembre 2015 (condition impérative). Une attention particulière sera portée aux publications et à la motivation des candidats.
L'un des demi-ATER enseignera à l'IUT de Saint-Etienne (écologie).
L'autre enseignera à la Faculté des Sciences (biologie générale).
Les deux demi-ATERs seront fortement impliqués dans un des programmes de recherche de l'ENES - Thèmes possibles: 1) étude des pleurs des bébés humains (enregistrement de bébés, analyse des signaux, expériences de psycho-acoustique sur les parents); 2) divers sujets portant sur les communications acoustiques chez les vertébrés (crocodiles, poissons, oiseaux).
Les candidat/e/s peuvent avoir la nationalité française ou étrangère.

N.B. la maîtrise de la langue française N'EST PAS indispensable pour enseigner.
En particulier, l'IUT serait très intéressé par un/e/ candidat/e anglophone.
Les candidat/e/s sont prié/e/s de contacter Nicolas Mathevon (mathevon@univ-st-etienne.fr)

mercredi 13 mai 2015

PhD position at Université Paris 13, Laboratorie d’Ethologie Expérimentale et Comparée E.A. 4443, France

Evolutionary transition between hermaphroditism and separate sexes

Application deadline: 25 May 2015

Sex is a central topic in biology and it is often associated to male and female genders. But why males and females are so common in animals? And if there has been some selective advantage in evolving male and female genders, why is hermaphroditism almost ubiquitous among animal taxa and why are there more than 65000 species of hermaphroditic species in animals? Have males and females evolved from hermaphrodites or vice versa? Whereas other questions in the evolution of sex have been the focus of theoretical and empirical research in animals (e.g., sexual selection, the transition between sexual and asexual reproduction, etc.), the transition between hermaphroditism and separate sexes has been rarely explored and we are left with many unsolved questions. This PhD project plan to meet this goal using polychaete worms of the genus Ophryotrocha as biological models and testing the role of hermaphrodite behavioral traits (such as reciprocity and plastic sex allocation) and gonochoric behavioral traits (such as gender specialization) in stabilizing hermaphroditism and/or favoring the transition towards separate sexes.

The project requires doing behavioral experiments where worms are exposed to different conditions (e.g., density and/or mate competition) and/or used in choice tests; data on their mating behavior and mate preferences as well as measures of their reproductive investment will be analysed. Most experiments require working at the stereomicroscope.

Bibliographic references
Lorenzi M.C., Sella G. 2013. In between breeding systems: Neither dioecy nor androdioecy explains sexual polymorphism in functionally dioecious worms. Integrative and Comparative Biology 53:689-700. 
Weeks S.C. 2012. The role of androdioecy and gynodioecy in mediating evolutionary transitions between dioecy and hermaphroditism in the animalia. Evolution 66:3670-86.

The language in the lab will be French and English. The position is funded for 3 years and will start on Oct 1st 2015.

Applications for this position should be sent to Prof. Dr. M. Cristina Lorenzi (cristina.lorenzi@leec.univ.paris13.fr) by May 25, 2015, including: letter of interest, CV, proposed research plan and recommendation letters from previous supervisors. 
Applicants are encouraged to make an informal enquiry beforehand by contacting Prof. Dr. M. Cristina Lorenzi via email ASAP. For further information about the Laboratoire d’Ethologie Expérimentale et Comparée see http://leec.univ-paris13.fr

Offre doctorat

Ecology and Sociobiology of a Wolf-Ungulate Predator-Prey Game

Start Date: September 2015 (flexibility exists for exceptional candidates)

We have a fully funded PhD position for a student interested studying the spatial ecology and sociobiology of predator-prey dynamics with links to population and disease ecology in a wolf-ungulate community.

System: Riding Mountain National Park (RMNP) in Manitoba is among the best-studied large mammal communities in Canada. Peer-reviewed research has been produced from the RMNP system for the last 80 years: from Green (1933) and Banfield (1949) to Paquet (1990s) and our recent work. RMNP is a rich system within which to simultaneously ask fundamental and applied ecological and evolutionary questions.
Over the coming years and primarily using GPS collars, this project will see all wolf packs and >80% of the elk monitored in one of RMNP’s elk subpopulations, creating a near-perfect spatial and temporal picture of predatory-prey interactions between wolves and their primary prey. Furthermore, the successful applicant will have access to our considerable collection of historical individual- and population-level data on space use and population densities of elk, moose, white-tailed deer and wolves (see our papers for examples). As a result, this project will provide excellent opportunities for both academic and professional advancement. Because it is a PhD-level project, the successful applicant will be expected to develop her or his own ideas and research plan in collaboration with the research team.
In the Wildlife Evolutionary Ecology Lab we feel strongly that novel biological ideas are derived from interacting directly with our study species and system, and the successful applicant will be expected to spend considerable amounts of time in the field, supported by an excellent team of biologists at RMNP. The successful applicant will be required to actively investigate kill- and den-sites and to fly telemetry, while simultaneously working with existing data. At the PhD level, this will require an exceptional applicant who can both be in the field and continue to actively analyze and write throughout their program.

Qualifications: In addition to a MSc that complements this research, applicants should have five main qualities: (1) a passion for ecological and evolutionary theory; (2) an aptitude for and commitment to research in the field – in all seasons; (3) welldeveloped quantitative skills in GIS, statistical programing in R, and experience or an interest in modeling; (4) a track-record of publishing their research in reputable peer-reviewed journals; (5) and foremost, evidence of collegiality.
Team: This research is part of a larger collaborative program studying predatory-prey dynamics in wolf-ungulate systems in southern Manitoba. As a result the successful applicant will be a part of a research team that includes Parks Canada biologists, Manitoba Fish and Wildlife ecologists, a MSc student in RMNP (start date May 2016), and another PhD student studying wolf-ungulate dynamics in eastern MB. This collaborative opportunity will permit the right applicant to participate in projects and publications in addition to their own core research.
Wildlife Evolutionary Ecology Lab (http://ericvanderwal.weebly.com/): We are a question-driven research group; one of a number of productive and dynamic research groups in ecology, evolution, and animal behavior at MUN. We bridge fundamental and applied questions in evolutionary, behavioral, population, and wildlife ecology, particularly with social ungulates. RMNP has been one of our keystone and must productive research systems and this new program aims to further advance our work on density-dependent resource and space use, social and group dynamics of ungulates now with a finer-scale understanding of the predatory-prey game.
To apply please send a letter of interest, CV, and transcripts (unofficial) to eric.vanderwal@mun.ca. Although the position is fully funded, students will be encouraged to compete for internal and external funding; higher GPAs and a history of publications improves competitiveness. The competition will remain open until the position is filled.

Striped mouse project South Africa seeks Master graduate as manager for 1-3 years

Job announcement - 12 PhD Positions in the Research Training Group "Understanding Social Relationships"

Please find enclosed details about 12 Phd positions available in the Research Training Group "Understanding Social Relationships"  at the Georg-August-University Göttingen and the German Primate Center Göttingen.

The scientific disciplines involved in the Research Training Group are Behavioral and Cognitive Biology, Psychology and (Psycho-) Linguistics. Ideal candidates should have a background in one of these (or related) disciplines. Application deadline is May 31st 2015.

For the detailed job advertisement please see the enclosed pdf or follow the link http://www.uni-goettingen.de/de/305402.html?cid=10618

For more information on the Research Training Group please see the webpage: https://www.uni-goettingen.de/de/509586.html

lundi 11 mai 2015

Fiche de poste

Current vacancies

PhD Studentship - Understanding satiety in broiler breeders during rearing and application to commercial diets
This vacancy is: Fixed term
Salary: Stipend £14,057 per annum plus £2500 per year paid by Aviagen
Location: Roslin Institute Building, near Edinburgh
Closing Date: Monday, 18th May 2015
SRUC, Scotland’s Rural College, delivers comprehensive skills, education and business support for Scotland’s land-based industry founded on world class, sector leading research, education and consultancy. Our 1500 staff are located on 6 campuses and around 40 business units across Scotland and the North of England.
Broiler breeder chickens are the parents of meat chickens (broilers), and their feeding during rearing must be carefully managed to ensure good animal health and welfare and productivity in adulthood. This project will involve development and application of behavioural and physiological measures of satiety and feeding motivation to the design of optimal diets for rearing broiler breeders. Diets which are relevant to the industry and developed or recommended by Aviagen for study will provide the focus. The project work will involve investigating the effects of industry-relevant diets (e.g. high fibre and/or low protein diets) on behavioural and physiological measures of satiety. Also the student will carry out experiments and/or laboratory work to investigate the avian nutrient-gut-brain pathway to explore how different physiological mechanisms (relating to the energy content and volume of food consumed, and body energy reserves) interact to regulate feed intake.
The project will be supervised at Scotland’s Rural College (SRUC) in collaboration with Edinburgh University (Roslin Institute) and Aviagen. The student will be registered with Edinburgh University and based at SRUC, Roslin Institute Building, Easter Bush, Midlothian. The successful candidate will be registered at Edinburgh University. This studentship is funded to pay the tuition fees of UK nationals or European Union nationals who have been resident in the UK for at least 3 years prior to the start date of this PhD. Applications from individuals who do not meet this criteria will not be considered.
All applicants must have a minimum of an upper second class honours degree or equivalent in biological, veterinary or agricultural science. An MSc in a relevant discipline is desirable. The successful candidate should have a good grounding in animal behaviour and physiology and must be willing to work in farm, office and laboratory environments.
The stipend for this studentship is £14,057 per annum, plus a further £2500 per year paid by Aviagen. The expected start date for this studentship is October 2015.
Online applications for this post can be submitted via our website www.sruc.ac.uk/jobs Candidates who are unable to access the online applications system can request an application pack from audrey.johnstone@sruc.ac.uk Tel 0131 535 4028 quoting reference SRUC/1029904/Death. Please note that CV’s will not be accepted without a completed application form.
To have an informal discussion about this studentship, contact Rick D’Eath (SRUC) on 0131 651 9356 or email rick.death@sruc.ac.uk
The closing date for the return of applications is 5pm on 18th May 2015.
Apply Online
Please note that you will be asked to register before filling in an online application and CVs will not be accepted without a completed application form. Please quote: C/VS/025/15.
Important information
Please download and read the following information before proceeding with your application:
Job Particulars - PhD Studentship
SRUC is an equal opportunities employer.
Contact us

SRUC Edinburgh Campus, 
King's Buildings, 
West Mains Road, 
Telephone: 0131 535 4420
Fax: 0131 535 4412
E-mail: recruitmentteam@sruc.ac.uk

Research Assistant (PhD-student)

As a Federal Research Institute and independent higher Federal Authority under the Federal Ministry for Food and Agriculture, the work of the Friedrich-Loeffler-Institut (FLI) focusses on the health, nutrition, housing, genetic diversity, and welfare of farm animals.
At the Institute for Animal Welfare and Husbandry in Celle, Germany, a 3-year position (50 %) is available for a Research Assistant (PhD-student)
The employment will be based on the Federal Civil Service Act (TVöD) and the salary will refer to class E 13 (West).
Within the FLI-research project ”Effects of selection for high laying performance on adaptation capacity in the domestic fowl” the successful candidate will have the following responsibilities:
  • Planning, conduction and analysis of experiments on behavioural responses towards environmental challenges
  • Planning, conduction and analysis of behavioural experiments on cognition and motivation
  • Coordination of the experiments with those of other collaborating institutes of FLI
  • Presentation of the results at international conferences and publishing in international peerreviewed journals

  • Master (of Sciences) or equivalent in Biology, Agricultural sciences or Veterinary medicine
  • Interest in learning behaviour
  • Readiness to conduct behavioural experiments with laying hens
  • Interest to participate in an interdisciplinary research project
  • Driver licence (class B)

For further details please contact Dr. Lars Schrader, by phone:+49 (0)5141 - 3846 101 or by E-Mail: lars.schrader@fli.bund.de
The Friedrich-Loeffler-Institut strives to increase the proportion of women in the Sciences. Therefore, we explicitly encourage female scientists to apply for the position. Disabled persons will be preferentially considered in case of comparable qualification, and only a minimal level of physical qualification is expected.
Applications including significant documents should be send to Friedrich-Loeffler-Institut, FB Personal, Dörnbergstraße 25/27, 29223 Celle, Germany (refer to “Kennziffer Nds. 06/15”).
Deadline for submissions is the 15th May 2015. Please note, that you will not receive an acknowledgement of receipt. Applications will be returned after the final decision on staffing.

jeudi 7 mai 2015


Sujet de thèse/PhD subject: Chômer : Etude quantitative de la dynamique d’agrégation comme réponse collective des moutons pour lutter contre le stress thermique. Chômer : quantitative study of aggregation dynamics in sheep facing heat stress.

Durée : 3 ans à partir de septembre 2015 / 3 years beginning on September 2015

Mots clés : agrégation, chaleur, stress physiologique, réponse collective, modélisation / aggregation, heat, physiological stress, collective response, modelling

Directeurs de thèse/ Supervisors Richard BON & Fernando PERUANI

Unités d’accueil du doctorant/ Labs : Centre de Recherches sur la Cognition Animale,

Faculté des Sciences et d'Ingénierie, Bât 4R3, 2e étage, porte 219, 118 route de Narbonne, 31062 Toulouse cedex 09 ; richard.bon@univ-tlse3.fr ; +33 5 61 55 69 13
Laboratoire de Mathématiques J.A. Dieudonné, UMR n° 7351 CNRS UNS, Université de Nice -Sophia Antipolis, Parc Valrose, 06108 Nice Cedex 02 ; Fernando.PERUANI@unice.fr ; +33-4 92 07 62 17

Résumé du sujet de thèse:
La vie en groupe est considérée comme une réponse adaptative pour les individus en raison des avantages qu’elle confère. Certaines espèces animales sont connues pour former des groupes compacts pour luter contre le froid. Les moutons en été manifeste un comportement d’agrégation très particulier appelé « chôme » en Provence: ils se rassemblent en une masse compacte, debout, la tête abaissée. Ces agrégations seraient un moyen de réduire le stress thermique. Le projet consiste à étudier la dynamique d’agrégation entre la phase d’alimentation et celle de la chôme et durant cette dernière. Nous souhaitons modéliser ce comportement en fonction de la taille de groupe (existence d’agrégats distincts, taille, stabilité, etc) en effectuant une géolocalisation des individus. Des enregistrements climatiques de proximité seront réalisés.
L’irradiation solaire et la température seront mesurées grâce à des capteurs posés sur le dos et sous le cou des animaux. La température corporelle, le rythme respiratoire et cardiaque seront mesurées en continu grâce à d’autres capteurs. Ces variables individuelles seront mises en rapport avec le nombre de congénères et la taille des agrégats si plusieurs se forment. Les premières expériences consisteront à enregistrer des tailles de groupe différentes (2, 4, 8, 32, 64) dans des pâturages homogènes et plats. Des expériences supplémentaires consisteront à introduire les moutons dans les mêmes tailles de groupe et les mêmes pâturages mais contenant des abris offrant de l’ombre. Nous proposerons des abris qui peuvent abriter tout ou partie des individus. Ce projet à l’interface biologie-physique impliquera une modélisation individu-centré du comportement d’agrégation pour rendre compte au niveau collectif de l’existence des agrégats, de leur compétition, stabilité en absence et présence d’abris. Nous nous attacherons aussi à montrer comment les réponses physiologiques individuelles dépendent de l’agrégation.
Cette thèse combine travail expérimental et modélisation-simulation. La-le candidat devra réaliser sur le terrain une série d’expériences avec des moutons. Les moutons seront équipés de capteurs pour enregistrer des variables environnementales et physiologiques. Un travail d’analyse d’enregistrements vidéo sera probablement utile pour extraire les localisations des animaux ou la formation d’agrégats, le comportement des animaux. Les données recueillies seront traitées pour construire des modèles individu-centrés pour caractériser la dynamique d’agrégation et explorer les modèles pour apprécier les conséquences des réponses collectives si des paramètres du modèle sont modifiés.

Summary :
Living in groups is considered as an adaptive response of individuals. Some animal species are known to huddle to face cold temperatures or adverse climatic conditions. Sheep typically stopped feeding and aggregate together in huddle-like formation, standing up and head down when the temperatures become hot. Huddling would be a mean to reduce heat stress according sheepherders. The project aims at studying the dynamics of aggregation at the end of feeding period and during the huddling period. The behaviour of huddling will be modelled as a function of time and group size (occurrence of distinct aggregates, size and stability of aggregates, etc) using data of geo-location. Climate variables will be registered at the periphery of the field paddocks. Solar radiation and temperatures will be registered using data-loggers on the back and under the neck of sheep. Body temperature, breath and cardiac rhythms will be continuously registered. These variables will be analysed as a function of density and aggregate sizes. During a first series of experiments, sheep will be introduced in large homogeneous and flat irrigated paddocks in varying group sizes (2, 4, 8, 32, 64). Further experiments will be conducted: using the same group sizes and paddocks but this time placing shelter (providing shadow) inside the arena. Shelters should be designed to let all sheep or only part of them get covered. This project is situated at the interface biology-physics and requires individual-based modelling of the huddling behaviour to account for the formation of aggregates, the competition among them, and stability of aggregates in absence and presence of shelters. We will also show to what extent physiological responses depend on aggregation.
During the PhD thesis, experimental work and modelling-simulation will be undertaken. The candidate should be in charge of a series of experiments in the field. Sheep will be equipped with data-loggers to register environmental and physiological variables. Video recordings will be analysed to obtain animal location and aggregate formation, and the behaviour of animals. The data will be used to propose individual-based models in order to quantify the aggregation dynamics and exploration of the models will be done in order to assess the collective output after changing the parameters of the models.
Profil attendu
La personne retenue devra
1) être capable de « gardiennage » des moutons, réaliser des manipulations fréquentes des animaux
2) être très organisée dans la planification et la réalisation des expériences 
3) être capable de travailler en équipe et dans un milieu zootechnique
4) avoir une formation en éthologie, bases solides en statistique, et des aptitudes à mener des expériences de terrain, ET/OU des affinités pour la physique statistique/modélisation avec une formation ou expérience en modélisation mathématique.
5) compétences sur R, MATLAB ou autres logiciels de gestion de grandes bases de données
6) niveau de rédaction en anglais avancé et motivation claire pour la rédaction d’articles scientifiques

Expected skills
The candidate should
1) be able to shepherd animals in the field, perform recurrent experiments in the field with sheep manipulation
2) good organisation aptitude to plan and perform the experiments
3) have capacity to work in a team and within a zootechnic environment
4) have a formation in ethology/animal behaviour, a good bases in statistics, and aptitude to conduct field experiments AND/OR affinity for statistical physics/modelling with a formation or experience in mathematical modelling.
5) autonomy with R, MATLAB or softwares to manage large databases
6) strong motivation for writing scientific papers.


Rappel Colloque SFDP Inscriptions et soumission des résumés !!!

Le prochain colloque de la SFDP, intitulé « Quand les primates communiquent », se déroulera cette année du 14 au 16 octobre 2015 à l’Université de Strasbourg. 

ATTENTION: pensez à vous inscrire et à soumettre vos résumés pour des communications orales ou affichées avant le 30 juin 2015 !!!

Vous trouverez sur le site web (http://www-sfdp.u-strasbg.fr/colloques/index.html) davantage d'informations sur cet évènement.

mardi 5 mai 2015

sujet de thèse ecotox

PhD in France

Title of the thesis:
Honeybees in farmland landscapes: effects of agricultural practices on bee ecology using the LTER ECOBEE platform (Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre)

Summary: In a context of agricultural intensification that led to strong declines in biodiversity including wild and honeybees, but beekeeping as well, with societal consequences ranging from pollination services to public health, modern agricultural production systems are more and more questioned. The aim of the thesis is to investigate the ecology of honeybees in cereal agro-ecosystem (which represents the majority of agricultural production areas and beekeeping in France and Europe), especially under stressfull environments, including food stress (lack floral resources in spring), pathological stress (Varroa pathogens) or chemical stress (pesticides), as well as their interactive or additive effects. The ecology of the honeybee will be investigated at its correct spatial scale, i.e. that of landscape. The PHD will aim at defining the landscape characteristics, that depend to a large extent on human activity (land use, crop management, farming practices in regard to pesticides, abundance and distribution of floral resources), that may limit or promote colony demographic dynamics (brood, adult population size, honey reserves). A focus will be devoted to the issue of pesticides and their impact on bees, both in spatial and temporal terms.
The study will take place on the Long Term Ecological Research Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, and in particular the ECOBEE platform that is unique in France and Europe. The variety of farming systems and practices, their continuous recording over the last 21 eyars, the size of the study site (450 km²), and the number of hives monitored every year (50) since 2008, provide a unique data set that the PHD student will have full access to. 
Supervisor: Jean François Odoux (co supervisor, HDR, Vincent Bretagnolle)
Team References:
ECOBEE: a tool for long-term bee colony monitoring at landscape scale in West European intensive agrosystems. J. Apicultural Research53 :57-66.
ROLIN, O. BRETAGNOLLE, V., DECOUTYE, A., APTEL, J ., MICHEL, N., VAISSIÈRE, B.E. & HENRY, M. 2013. Differences of floral resource use between honey bees and wild bees in an intensive farming system. Agriculture Ecosystems & Environment179: 78-86
HENRY, M., BERTRAND, C., LE FEON, V., REQUIER, F. ODOUX, J.-F., AUPINEL, P., BRETAGNOLLE, V& DECOURTYE. 2014.Pesticide risk assessment in free-ranging bees is weather and landscape dependent.Nature Communication(5) DOI: 10.1038/ncomms5359.
ROLLIN, O., BRETAGNOLLE, V., FORTEL, L., GUILBAUD, L. & HENRY, M. 2015. Habitat, spatial and temporal drivers of diversity patterns in a wild bee assemblage. Diversity & Distribution
REQUIER, F, ODOUX, J.-F. , TAMIC, T.,MOREAU, N.HENRY, M. DECOURTYE, A.& BRETAGNOLLE, V. Honey bee diet in intensive farmland habitats reveals an unexpected flower richness and a critical role of weeds. in press. Ecological Applications.
KLEIJN, D., …BRETAGNOLLE, V., …POTTS, S.G. Managing for pollinators or pollination: conflicts between biodiversity conservation and ecosystem service delivery. In press. Nature communication.

Send a complete CV and a letter of motivation to Jean Francois ODOUX (jean-francois.odoux@magneraud.inra.fr) before 20 may 2015 
UE Entomologie,INRA Le Magneraud,CS 40052 17700 Surgères, France


Titre de la thèse :
Abeille domestique et grandes cultures : effets des pratiques intensives sur l’écologie de l’abeille dans le dispositif observatoire ECOBEE

Résumé : Dans un contexte d’intensification ayant entraîné déclin des abeilles et difficultés de l’apiculture, assortis de conséquences allant de la pollinisation à la santé publique, les systèmes de production agricoles modernes sont sujets à questionnement. L’objectif de la thèse est d’analyser l’écologie de l’abeille dans l’agro-écosystème céréalier (qui représente la majorité des surfaces de productions agricoles et apicoles en France), notamment en condition de stress : stress alimentaire (manque de ressources florales), stress pathologique (Varroa), ou stress chimique (pesticides), ainsi que leurs effets additifs voire interactifs. L’écologie de l’abeille sera étudiée ici à sa juste dimension spatiale, celle des paysages : ce travail vise à définir les caractéristiques de paysages, dépendants de l’action de l’homme (utilisation des sols, itinéraires techniques culturaux notamment en matière de pesticides, abondance et distribution des ressources florales), susceptibles de limiter ou favoriser le développement et le fonctionnement des colonies. Un focus sera orienté sur la question des pesticides et de leur impact sur les abeilles à l’échelle de la colonie et en se projetant dans la durée. La diversité des pratiques agricoles et des itinéraires employés dans la zone d'étude (Zone Atelier Plaine & Val de Sèvre, dispositif Observatoire ECOBEE), nous permet à la fois d’établir un état des lieux sur l’impact des systèmes de cultures conventionnelles chez l'abeille domestique, et de rechercher les systèmes de cultures innovants favorable aux abeilles, à la pollinisation, et à l’apiculture.

Directeur de thèse : Jean-François Odoux (responsable administratif, HDR : Vincent Bretagnolle)

Références de l’équipe :
ODOUX, J.F.; AUPINEL, P. ; GATEFF, S. ; REQUIER, F. ; HENRY, M. &BRETAGNOLLE, V. 2014. ECOBEE: a tool for long-term bee colony monitoring at landscape scale in West European intensive agrosystems. J. Apicultural Research53 :57-66.
ROLLIN, O. BRETAGNOLLE, V., DECOUTYE, A., APTEL, J ., MICHEL, N., VAISSIÈRE, B.E. & HENRY, M. 2013. Differences of floral resource use between honey bees and wild bees in an intensive farming system. Agriculture Ecosystems & Environment179: 78-86
HENRY, M., BERTRAND, C., LE FEON, V., REQUIER, F. ODOUX, J.-F., AUPINEL, P., BRETAGNOLLE, V& DECOURTYE. 2014. Pesticide risk assessment in free-ranging bees is weather and landscape dependent.Nature Communication (5) DOI: 10.1038/ncomms5359.
ROLLIN, O., BRETAGNOLLE, V., FORTEL, L., GUILBAUD, L. & HENRY, M. 2015. Habitat, spatial
and temporal drivers of diversity patterns in a wild bee assemblage. Diversity & Distribution REQUIER, F, ODOUX, J.-F. , TAMIC, T.,MOREAU, N.HENRY, M. DECOURTYE, A.& BRETAGNOLLE, V. Honey bee diet in intensive farmland habitats reveals an unexpected flower richness and a critical role of weeds. in press. Ecological Applications.
DECOURTYE, A. 2012. Spatial autocorrelation in honeybee foraging activity reveals optimal focus scale for predicting agro-environmental scheme efficiency. Ecol. Modelling, 225, 103-114.
KLEIJN, D., …BRETAGNOLLE, V., …POTTS, S.G. Managing for pollinators or pollination: conflicts
between biodiversity conservation and ecosystem service delivery. In press. Nature communication

Les populations d’abeilles (domestiques et sauvages) se sont récemment effondrées, en Europe, puis en Amérique du Nord. Le déclin de ces insectes, considérés comme les principaux agents pollinisateurs des agro-écosystèmes, a été enregistré sans qu’il y ait unanimité sur ses causes précises (Potts et al. 2010).
L’utilisation de pesticides, la simplification des paysages agricoles, les techniques apicoles, l’émergence de parasites et de prédateurs des abeilles sont généralement invoqués, mais la hiérarchisation de ces facteurs est encore débattue. L’abeille est par ailleurs directement impliquée dans la production agricole via l’apiculture et la contribution des abeilles au rendement de nombreuses cultures (cultures fruitières et maraîchères, colza, tournesol, etc…). Dans les systèmes de grande culture, en l’absence presque complète de fleurs disponibles entre la floraison du colza et celle du tournesol, les ruches subissent une baisse des ressources et ont besoin de la flore adventice ou semi-naturelle environnante (Feuillet et al. 2008). A cette période où les populations sont à leur maximum, ce problème s’ajoute aux causes potentiellement liées aux pesticides, et le calendrier de travail des apiculteurs s’en est trouvé fondamentalement modifié, ces derniers devant maintenant distribuer du sirop aux ruches pour compenser les besoins. Ainsi la production apicole aurait baissé de près de 50% en quatre ans dans notre pays et ne cesse de s’effondrer encore cette année (UNAF, 2014). La problématique spécifique des pesticides, leur toxicité sur les organismes et leur devenir dans les agro-écosystèmes est aujourd’hui un enjeu majeur, qui s’apparente à un défi : l’abeille domestique s’est à plusieurs reprises montrée sensible à des effets non intentionnels de l’utilisation des insecticides. Les néonicotinoïdes particulier, dont l’arrivée en grandes cultures était initialement perçue comme un progrès technique car utilisés en très petites quantités, ont un effet sur le comportement des butineuses qui rentrent à la ruche (Henry et al. 2012). De plus, on a détecté un effet de la complexité du paysage sur le risque d’exposition à ces insecticides (Henry et al. 2014). Une collaboration engagée depuis 2013 avec le CETIOM sur le dispositif ECOBEE confirme ces résultats. Les solutions couramment mises en oeuvre pour maintenir les abeilles et l’activité apicole dans les agrosystèmes sont de deux ordres : établissement d’un diagnostic du risque lié à l’usage de pesticides à tout stades de développement de l’abeille (Decourtye et al. 2005, OCDE. 2013), ou gestion raisonnée des aménagements territoriaux (jachères florales ; Decourtye et al. 2011). Ces approches simples, et mises en oeuvre indépendamment l’une de l’autre, ont cependant leurs limites : (i) la réduction réelle et durable de l’usage des insecticides ne peut s’affranchir de l’évolution de l’ensemble du système de culture et du système d’exploitation, pour réduire simultanément les risques liés aux ravageurs et ceux concernant les abeilles ; (ii) étant donné la diversité des situations locales en termes de contexte paysager et d’enjeux, il est nécessaire d’envisager un panel de solutions, et de disposer d’outils d’aide à la décision suffisamment génériques pour s’adapter à ces gammes de situations ; (iii) les flux d’individus entre les surfaces en production et les surfaces hors production impliquent une prise en compte des régulations biotiques dans le milieu à une échelle spatiale territoriale.

Objectifs de la thèse
L’objectif de la thèse est d’analyser l’écologie de l’abeille dans l’agro-écosystème céréalier (qui représente la majorité des surfaces de productions agricoles et apicoles en France), notamment en condition de stress : stress alimentaire (manque de ressources florales), stress pathologique (Varroa), ou stress chimique (pesticides), ainsi que leurs effets additifs voire interactifs. Cette thèse sera réalisée en agro-écosystème céréalier, qui représente la majorité des surfaces de productions agricoles et apicoles en France, un écosystème dans lequel elles déclinent fortement et siège de difficultés pour l’apiculture. En matière de dynamique de population et de traits d’histoire de vie, paradoxalement, nos connaissances sur l’espèce sont insuffisantes. L’écologie de l’abeille sera étudiée à sa juste dimension spatiale, celle des paysages : ce travail vise à définir les caractéristiques de paysages, dépendants de l’action de l’homme (itinéraires techniques culturaux, abondance et distribution des adventices/messicoles, nature et localisation des éléments semi-naturels), susceptibles de limiter ou au contraire favoriser le développement et le fonctionnement des colonies d’abeilles. La diversité des pratiques culturales et des itinéraires employés dans la zone d'étude, nous permettra à la fois d’établir un état des lieux sur l’impact des systèmes conventionnels chez l'abeille domestique, et de rechercher les systèmes de cultures innovants. L’analyse aboutira à croiser les traits de vie des abeilles et les caractéristiques contextuelles des paysages et des pratiques agricoles phytosanitaires en particulier, pour proposer un modèle générique dépassant les situations rencontrées sur le dispositif ECOBEE. 
Nos trois objectifs peuvent être résumés comme suit:
• L’analyse de l’effet des structures du paysage sur la dynamique des colonies d’abeille domestique. Dans nos régions, les abeilles sont soumises à des variations très importantes des disponibilités en ressources alimentaires (Requier et al. in press, Bretagnolle & Gaba, 2015), avec des périodes d’abondance durant la floraison du colza (avril-Mai) ou du tournesol (juillet), et une période de « disette relative » entre ces deux pics. Notre hypothèse de recherche est que la présence de ressources alternatives (luzernières fleuries ou adventices des cultures, notamment le coquelicot) pourrait atténuer ces effets d’alternance et éviter des phénomènes de carry-over effects. Pour ce faire, le doctorant analysera les relations entre abondance et distance de ces ressources florales (obtenus par des campagnes de terrain, données déjà acquises) et dynamique de la colonie (taux de croissance du couvain, mortalité et survie adultes, comportement de butinage), et d’autres traits paysagers potentiellement importants comme les haies. Plus généralement ici, nous nous intéresserons à l’influence d’un certain nombre de métriques paysagères (taille du parcellaire, complexité ou caractère mosaïque de l’occupation des sols, présence d’éléments linéaires, bandes enherbées, adventices ou haies) sur la dynamique et la démographie des ruches.
• L’impact des produits phytosanitaires sur le développement des colonies d’abeilles. Malgré les précautions prises avant leur commercialisation, on ne connaît pas nécessairement tous les effets des insecticides sur les abeilles et les pollinisateurs en général. Certains effets des insecticides peuvent affecter les colonies à moyen ou à long terme. Ils peuvent être létaux sur l’insecte adulte ou les formes immatures, mais aussi comportementaux, pouvant alors mettre l’équilibre de la colonie en danger. Leur observation peut être complexe et passe par un suivi temporel très long in situ à l’échelle de la colonie et du rucher. Outre ces effets directs des insecticides dus à leur toxicité chez l'abeille, d'autres effets indirects sont liés à l'usage des herbicides qui appauvrissent la flore dans le milieu et donc les ressources en nectar et en pollen. La flore adventice est en particulier le reflet d’une pratique de désherbage qui peut largement orienter le butinage à certaines périodes par la disparition (mais aussi l’apparition) de certaines espèces mellifères. Les pesticides ciblés dans cette étude (il est en effet impossible de travailler sur l’ensemble du cocktail pesticides en céréaliculture, puisque qu’environ 200 matières actives sont simultanément déposées, par exemple sur la ZA-PVS) sont les néonicotinoides et les herbicides. Un effet de synergie entre l’exposition aux pesticides et un autre stress comme un déficit alimentaire ou un pathogène pourra être confronté à la littérature (Videau, 2011 ; Becher, 2014).
• La recherche de systèmes de culture innovants, notamment à partir des systèmes existant dans les dispositifs MAE. L'acquisition de données sur le terrain pour établir un état des lieux de l’impact des systèmes actuels sur les abeilles et pour explorer les sources d’innovation, tout particulièrement face à la double problématique de la disponibilité des ressources dans le milieu et des effets non intentionnels des stratégies de protection des cultures. Nous privilégierons l’étude des interactions entre ces deux composantes de l’environnement de l’abeille. Sur la ZA-PVS, différents systèmes de cultures innovants sont mis en application : outre les MAE « réduction de phytosanitaires », nous allons mettre en place dès 2015 les
MAE systèmes (à la fois grandes cultures et polyculture élevage) ; on trouve aussi sur la ZA-PVS une forte concentration d’exploitations en AB (35 exploitations au total), mais encore de l’agriculture de conservation (18 exploitations). Enfin, dans le cadre d’un projet DEPHY (ECOPHYTO), un réseau de 10 exploitants met en place une expérimentation système à bas intrants dans le but de favoriser explicitement les abeilles.
Hypothèses de travail
Nous savons que la distance de butinage de l’ouvrière est variable selon le milieu dans lequel elle se trouve, variant de 1743m (62-10037m) (Steffan-Dewenter, 2003) à 5500m (500-9500m) (Beekman, 2000), mais cette distance est largement modulée suivant les ressources disponibles au cours des saisons et les choix de butinage (Requier, 2013). La flore utilisée par les abeilles domestique en paysage agricole est marquée par une prédominance des cultures, des éléments semi-naturels, mais aussi des adventices telles que le coquelicot en particulier, ainsi que par les éléments semi-naturels de l’environnement (Odoux, 2012, Decourtye, 2013, Piroux, 2014). La particularité du cycle de développement de l’abeille domestique en milieu céréalier est liée à une baisse d’activité en fin de période printanière liée à une baisse des ressources, observable au niveau des réserves comme des surfaces de couvain, à un moment où l’effectif de la colonie est à son maximum (Requier, 2013). Il en ressort que l’écologie de l’abeille est étroitement liée aux variations spatiotemporelles de l’environnement et que les évolutions récentes de celui-ci engendrent des nouvelles contraintes environnementales. Prédire les conséquences de la perte d'habitat et leur fragmentation, ou plus généralement de l'intensification agricole, sur la dynamique des colonies, les risques d'exposition aux pesticides et les fonctions de pollinisation est aujourd’hui un objectif majeur (Härtel, 2014).
Dans la zone d'étude, placée véritablement en conditions semi-contrôlées, nous pourrons tester des hypothèses précises et cruciales autour de l’écologie des abeilles : i) la présence de certaines entités paysagères et une complexification des successions de cultures (ex. prairies fleuries, luzernières) pourrait atténuer les variations très importantes de sources alimentaires disponibles dans le milieu (période de disette entre la floraison du colza et du tournesol) ; ii) la réduction de l’emploi des produits phytopharmaceutiques améliorerait la diversité floristique (en augmentant la disponibilité des ressources et les stabilisant dans le temps) et réduirait les risques d’intoxications ; iii) la production de miel est augmentée en présence de paysages comprenant une forte proportion d’éléments semi-naturels.
Site d’étude : le dispositif ECOBEE
La zone d’étude de 45 000 ha suivie par le CNRS de Chizé depuis plus de 20 ans constitue un dispositif unique en France, sur lequel s’appuie depuis 2008 un autre dispositif, tout aussi unique à l’échelle européenne, l’observatoire ECOBEE. ECOBEE permet le suivi de 50 colonies d’abeilles chaque année en conditions réelles. Le paysage pertinent pour une abeille recouvre des dizaines de km². La recherche des points des systèmes de cultures intéressants pourra s’appuyer sur les conduites en agriculture biologique et sur la contractualisation de plusieurs mesures agro-environnementales, dont l’allocation est optimisée sur cette zone par le CNRS de Chizé (jachère environnement faune sauvage, contrat territorial d’exploitation, contrat d’agriculture durable, mesure agro-environnementale territorialisée dont le raisonnement des pratiques phytosanitaires ou la réduction des traitements herbicides et de la fertilisation inorganique).
Ces problématiques seront abordées à la fois par une approche empirique (croisement d’informations spatialisées sur les pratiques agricoles et sur l’utilisation des cultures fleuries par les abeilles) et une approche mécaniste (passage de l’échelle individu à l’échelle colonie par le couplage de suivis RFID et de modélisation
La thématique « abeille » est très porteuse. Par ailleurs, le dispositif ECOBEE, en place depuis 2008, aura produit à la fin de la thèse 10 années de données extrêmement riches dans lesquels le thésard pourra librement puiser. Nul doute que le facteur limitant dans les publications ne seront pas les données. Au sein de
l’équipe d’Entomologie du Magneraud, le doctorant pourra acquérir de solides connaissances en apiculture et apidologie. Egalement immergé au CEBC à Chizé, il sera dans un environnement particulièrement favorable au maniement de données en écologie et à la modélisation. Le dispositif ECOBEE relève d’un partenariat étroit, et institutionnalisé, entre l’INRA (UE du Magneraud, UR Avignon), le CNRS de Chizé (USC SPE AGRIPOP) et l’ITSAP. Ces quatre partenaires seront directement impliqués dans le projet de thèse. Par ailleurs, le volet « pesticides » est actuellement analysé en collaboration avec l’UMT Prade et le CETIOM, en plus des 4 partenaires ECOBEE. L’ensemble de ces partenariats placent le futur doctorant dans un contexte très favorable pour la production de publications de qualité.

Envoyer un CV complet et une lettre de motivation à Jean Francois ODOUX (jean-francois.odoux@magneraud.inra.fr) avant le 20 mai 2015
UE Entomologie, INRA Le Magneraud, CS 40052 17700 Surgères-France 

Concours ED VAS Rennes 1

Six sujets de thèses sont proposés dans le cadre de l'UMR 6552. Vous pouvez les consulter en suivant ce lien  : https://thesesenbretagne.ueb.eu/vas/theses-2015

Equipe de Sophie Lumineau:
Effets maternels sur le développement vocal chez la caille.
Stress prénatal, cognition et neurogénèse hippocampique chez l'oiseau nidifuge

Equipe de Catherine Blois-Heulin
La communication gestuelle chez les cercopithécidés
Les fonctions sociales de la communication vocale chez les mangabés

Equipe de Martine Hausberger
Attention et états de bien être chez le cheval domestique
Evolution de la communication vocale : impact des systèmes sociaux, de la phylogénie et des conditions de vie, l'exemple des sturnidés

N'hésitez pas à postuler. La date limite est le 6 juin 2015

lundi 4 mai 2015

Course for PhD students: Fish & Fisheries - evolutionary ecology & behaviour

Dear all: Please spread information about this new course for PhD students. Information is provided below. 
Best wishes, Lotta Kvarnemo & Jörgen Johnsson, University of Gothenburg, Sweden

Welcome to a PhD-student course and workshop on
Fish and Fisheries - evolutionary ecology and behaviour

The course is given by the University of Gothenburg (UGOT), Department of Biological and Environmental Sciences, 29 September – 1 October 2015 as a 3-day workshop at Kristineberg Research Station, Sven Lovén Centre for Marine Sciences, beautifully situated at the west coast of Sweden http://loven.gu.se/english/stations/kristineberg. The course is free of charge but there is a fee (about 70 Euro) for food and housing at Kristineberg during the workshop.

• To provide participating students with broad insights and knowledge in the field (e.g. sexual selection; parental care; behavioural variation; life history variation; population structure; genetics; local adaptation; speciation; conservation; management; releases & escapes).
• To provide insights into how basic theories and methods in the field can be applied
    for sustainable management and conservation of fish and fisheries resources.
• To stimulate student contacts and interactions with other students and researchers in the field.

In preparation for the workshop the student is expected to read the course literature, a selection of scientific papers, and write essays (2-3 A4 pages) on three of them (freely chosen). At the workshop the students (1) give 10-min presentations on their research, (2) provide constructive feedback on talks by fellow students, (3) listen to plenary talks given by the teachers, and (4) participate in course topic seminars led by the teachers. Full participating in the course is rewarded with 4 HP (credits).

The deadline for application is on 29 May 2015. To apply, send an email to the course leader Jörgen Johnsson (jorgen.johnsson@bioenv.gu.se) with a brief motivation (max 0,5 A4 page) of why you want to participate in the course.

Jörgen Johnsson (UGOT), course leader: http://bioenv.gu.se/personal/johnsson_jorgen
Lotta Kvarnemo, (UGOT), ass. course leader: http://bioenv.gu.se/personal/Kvarnemo_Lotta
Carl André (UGOT): http://bioenv.gu.se/personal/andre-carl
Ola Svensson (UGOT): http://bioenv.gu.se/personal/Svensson_Ola
Ian Fleming (Memorial University, Canada): http://www.mun.ca/osc/ifleming/

Sujets de doctorats - Université de Strasbourg

Les sujets de thèse de l'ED Sciences de la Vie et de la Santé de l'Université de Strasbourg sont en ligne...

Il vous suffit de choisir le laboratoire DEPE et de consulter les offres :

Fonctionnement des colonies de manchots

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : ANCEL André

Ecophysiologie comparée de la cistude d'’Europe Emys orbicularis le long d’un gradient latitudinal pour évaluer l’impact du changement climatique sur les hydrosystèmes continentaux

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : GEORGES Jean-yves

Des reproducteurs coopératifs sont-ils particulièrement adaptés pour résoudre des problèmes de coordination et de dilemmes sociaux ?

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : NOË Ronald

Environnement social, allocation énergétique et stress chez un mammifère colonial, le spermophile de Colombie (Urocitellus columbianus)

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : ROBIN Jean-patrice

Statut nutritionnel et endocrinien et effort reproducteur chez le manchot Adélie en fonction des conditions environnementales

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : ROPERT-COUDERT Yan

Etude comparative de la flexibilité de la communication vocale chez deux espèces de macaque

Unité : UMR 7178 - IPHC, Département Ecologie, Physiologie et Ethologie (DEPE)
Directeur de l'Unité : CRISCUOLO François
Directeur de Thèse : THIERRY Bernard