Veuillez
trouverez ci-dessous le descriptif d'une thèse financée pour
la période 2016-2019 au Centre de Biologie pour la Gestion des
Populations (CBGP; UMR INRA-IRD-CIRAD-SupAgro située à
Montpellier / Montferrier-sur-Lez). Cette thèse est financée
par l’INRA (département Santé des Plantes et Environnement) et
la région Languedoc-Roussillon (projet « Chercheur d'Avenir »
CPADroL). Son intitulé est «Capacités
d’adaptation
et préférences alimentaires chez un insecte envahissant
d’intérêt agro-économique majeur, Drosophila suzukii ».
Bonne
journée.
Arnaud
Estoup
(DR2 INRA, hdr, CBGP) et Mathieu Gautier (CR1 INRA, hdr,
CBGP)
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Descriptif
(succinct) du sujet de thèse - NB:
les candidats en adéquation avec le sujet proposé et
fortement intéressées peuvent contacter les encadrants,
Arnaud Estoup (arnaud.estoup@supagro.inra.fr)
et Mathieu Gautier (Mathieu.Gautier@supagro.inra.fr), pour obtenir de leur part une version
détaillée du projet.
Titre :
Capacités
d’adaptation
et préférences alimentaires chez un insecte envahissant
d’intérêt agro-économique majeur, Drosophila suzukii
Tittle: Adaptive capacity and food preferences in an
invasive insect
of major
agro-economic interest, Drosophila
suzukii
Version
en français:
Le
niveau
de spécialisation d’une espèce pour différents habitats ou
différentes ressources alimentaires est un élément déterminant
de son abondance, de sa distribution spatiale, et de ses
déplacements. Comprendre les conditions de l’évolution de la
spécialisation des pestes agricoles est donc crucial pour
développer des stratégies de luttes efficaces à long-terme.
Cette thèse a pour objectif de caractériser les conditions de
la spécialisation de Drosophila
suzukii, une espèce invasive qui s’attaque à de
nombreuses espèces végétales
fruitières (cerise,
fraise, pêche, raisin, etc.). Cette espèce
envahissante (du même groupe taxonomique que Drosophila melanogaster)
est originaire d’Asie, et a été observée pour la première fois
en 2008 en Europe du Sud et en Amérique du Nord où elle s’est
répandue très rapidement. Les capacités d’adaptation
potentielles de cet insecte et ses préférences alimentaires
pour de nombreuses espèces fruitières posent des défis
agronomiques majeurs. Quatre questions principales seront
abordées pendant la thèse : 1/ évaluer si la spécialisation
d’hôte est présente chez des individus collectés sur le
terrain en s’appuyant notamment sur un réseau régional de
gestion d’organismes envahissants (FREDON-LR) ; 2/ tester
des prédictions théoriques d’évolution de la spécialisation
(effet de l’hétérogénéité spatiale et temporelle en hôtes
sous différents régimes sélectifs type hard ou soft
selection) par le biais d’expériences de sélection sur la
préférence et la performance sur différentes ressources
alimentaires ; 3/ évaluer si des flux de gènes liés aux
activités anthropiques peuvent perturber une spécialisation
éventuelle ; 4/ identifier des régions du génome associées à
la spécialisation en utilisant des technologies de
séquençage à haut-débit (NGS) sur les populations
sélectionnées au laboratoire (voir point 2/) ainsi que sur
des populations collectées in natura (voir point 1/). Cet ensemble
d’études combinant expérimentations et théorie permettra des
contributions académiques et appliquées importantes sur un
modèle biologique et des questions d’intérêt scientifique et
économique majeur.
Abstract in English:
The specialization of a species to habitats and
resources is an important area of research in evolutionary
biology as well as in applied sciences in pest management.
Theoretical explanations have been proposed for such
specialization, but few experimental data remains available.
In this Phd project, we propose a range of research actions in
order to test, in an applied context, some theoretical
expectations using Drosophila
suzukii as a biological model. This species (which
belongs to the same taxonomic group than Drosophila melanogaster)
is an invasive insect native to Asia and observed for the
first time in 2008 in Southern Europe and North America where
it spread quickly and attacks many fruit plants (cherry, strawberry,
peach, grape, etc.). Potential
adaptive capacity and food preferences of this insect pose
major agronomic challenges. Four main issues will be
addressed. 1/ assess whether the host specialization is
present in individuals collected in the field. 2/ test
theoretical predictions (effect of spatial and temporal
heterogeneity of hosts under different selective regime such
as hard or soft selection) through selection experiments on
different host plants. 3/ assess whether mediated gene flow by
humans can disrupt a possible specialization. 4/ analyze the
genomes of experimental populations produced during
quantitative genetic studies (issue 2/) as well as populations
collected in natura
using high-throughput sequencing technologies (NGS) to
identify genomic regions potentially subject to selection.
This set of studies combining theory and experiments will
allow significant academic contributions and applied on a
biological model and issues of major scientific and economic
interest
Profil souhaité. Nous recherchons
un(e) étudiant(e) dynamique et motivé(e), titulaire d’un M2R
ou finissant son M2R en juin 2016 en biologie évolutive. Un
intérêt pour la
spécialisation adaptative des populations au sein d’une espèce
à des ressources et des habitats est souhaité. Les
principaux concepts et méthodologies qui seront utilisées au
cours de la thèse relèvent de la génétique quantitative de
traits d’histoire de vie et de la génomique des populations.
Un goût prononcé pour le travail en équipe sera apprécié.
Acte de
candidature. Les dossiers de
candidatures, sous forme d’un seul document pdf, incluront un
CV, les relevés de notes de Master 1 et 2, une lettre de
recommandation de l’encadrant de stage M2 et (optionnel) de
l’encadrant de stage M1, ainsi que les coordonnées d’au moins
deux personnes référentes (encadrant de stage, responsable
d’enseignants...). Ce dossier devra être adressé à Arnaud
Estoup (arnaud.estoup@supagro.inra.fr) et Mathieu Gautier
(Mathieu.Gautier@supagro.inra.fr) dès que possible,
et avant le 25 mai.
Procédure et
calendrier de recrutement. A l’issue de la date
butoir de candidature du 25 mai, les candidats
pré-sélectionnés seront auditionnés au CBGP ou par
visio-conférence si le candidat ne peut pas se déplacer entre
le 10 juin et le 15 juin 2016 (inclus) par un jury ad hoc. Le
choix final du jury sera communiqué entre le 21 et le 24 juin
2016.